DOI: https://doi.org/10.24144/2415-8038.2015.38.18-22

Першопринципні розрахунки фізичних властивостей біоінформаційної молекули тиміну

Адальберт Адальбертович Барта, Олександр Ілліч Чобаль, І. П. Заячук, Василь Михайлович Різак

Анотація


Метод Хартрі-Фока і теорія функціоналу густини з базисним набором 6-311++G(d,p) використовувались для розрахунків рівноважної геометричної будови, електронної структури та коливних спектрів молекули тиміну. На основі аналізу результатів моделювання показано, що досліджувана молекула є стабільна в умовах структурної оптимізації. Проведено розрахунки повних та парціальних густин електронних станів для молекули тиміну. Розраховані ІЧ і КРС частоти та інтенсивності спектральних коливальних ліній добре узгоджуються із наявними експериментальними даними.


Ключові слова


ab initio; тимін; рівноважна геометрія; електронна густина; ІЧ та КРС спектри

Повний текст:

PDF

Посилання


Анатольевич A.A. Развитие квантово-механического метода расчета спектров резонансного комбинационного и гиперкомбинационного рассеяния и двухфотонного поглощения многоатомных молекул //дисс... д.ф-м.н. 2011.

Суханов О. С. Теоретичне дослідження структури та властивостей моно- і полігідратів гуаніну та аденіну. Харківський національний університет імені В.Н. Каразіна, дис. канд. хім. наук, 2008.

Schmidt M.W. General atomic and molecular electronic structure system / M.W. Schmidt, K.K. Baldridge, J.A. Boatz [et al.] // J. Comput. Chem. – 1993. – Vol. 14. – P. 1347 - 1363.

Zhurko G.A.. Chemcraft. http://www.chemcraftprog.com.

Clowney L., Jain S.C., Srinivasan A.R., Westbrook J., Olson W. K., Berman H.M. Geometric Parameters in Nucleic Acids: Nitrogenous Bases // J. Am. Chem. Soc. -1996. – Vol. 118. - Р. 509–518.

Raji Heyrovska Structures of the Molecular Components in DNA and RNA with Bond Lengths Interpreted as Sums of Atomic Covalent Radii // The Open Structural Biology Journal. – 2008. - Vol. 2. - P. 1-7.

Scott A. P. Harmonic Vibrational Frequencies: An Evaluation of Hartree-Fock, Møller-Plesset, Quadratic Configuration Interaction, Density Functional Theory, and Semiempirical Scale Factors / A. P. Scott, L. Radom // J. Phys. Chem. – 1996. – Vol. 100, N 41. – P. 16502–16513.

Chemisch – Geowissenschaftlichen facultet Friedrich-Schiller-Universität Jena, Characterization of bacteria, antibiotics of the fluoroquinolone type and their biological targets DNA and gyrase utilizing the unique potential of vibrational spectroscopy, diss. dr. rer. nat., 2012.


Посилання

  • Поки немає зовнішніх посилань.


Creative Commons License
Ця робота ліцензована Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

ISSN: 2415-8038 (Print).