DOI: https://doi.org/10.24144/2415-8038.2014.35.23-29

Ab initio розрахунки рівноважної геометричної будови, електронної структури та коливальних спектрів молекули аденіну

А. Барта, О. Чобаль, Г. Різак, І. Заячук, В. Різак

Анотація


Представлено результати ab initio розрахунків рівноважної геометричної будови, електронної структури та коливних спектрів для молекули аденіну. Для розрахунків використано обмежений за спіном метод Хартрі-Фока (RHF) і теорію функціоналу густини (DFT) з базисним набором 6-31. На основі аналізу результатів розрахунків встановлено, що досліджувана молекула є стабільна в умовах структурної оптимізації. Проведено розрахунки повних та парціальних густин електронних станів для молекули аденіну. Розраховані частоти та інтенсивності спектральних коливальних ліній добре узгоджуються із наявними експериментальними даними.


Ключові слова


Ab Initio, Aденін, Oптимізована геометрія

Повний текст:

PDF

Посилання


Barbatt M., Lan Z., Crespo-Otero R., Szymczak J.J., Lischka H.W. Thiel W. Critical appraisal of excited-state nonadiabatic dynamics simulations of 9H-adenine // J. Chem. Phys. - 2012. - Vol. 137.

Шваб Р.Л., Минда І.Ю., Стецович В.В., Стукалов О.М., Суховія М.І., Шафраньош І.І. Експериментальне та квантово-хімічне моделювання процесів утворення позитивних і негативних іонів аденіну електронним ударом // Вісник Черкаського університету. – 2010. – Випуск 175.

Суханов О.С. Теоретичне дослідження структури та властивостей моно- і полігідратів гуаніну та аденіну. Харківський національний університет імені В.Н. Каразіна, дис. кан. хім. наук, 2008.

Niemeyer Ch. M. Nanopartikel, Proteine und Nuckleinsäuren: Die Biotechnologie begegnet den Materialwisenschaften. // Angewandte Chemie. - 2001. - Vol. 22. - P. 4254–4287.

Fazal M.A., Bidhan C.R. Übergangsmetallkomplexe, die mehrere Kupferionen enthalten, binden spezifisch an komplementäre Muster aus Histidinresten auf der Oberfläche von Proteinen // Journal of American Chemical Society. – 2001. - Vol. 10. - P. 6283–6290.

Hartree D.R. The Calculation of Atomic Structures // N. Y.-London: John Wiley, 1957. – 305 p.

Schmidt M.W. General atomic and molecular electronic structure system / M.W. Schmidt, K.K. Baldridge, J.A. Boatz [et al.] // J. Comput. Chem. – 1993. – Vol. 14. – P. 1347 - 1363.

Zhurko G.A. Chemcraft. http://www.chemcraftprog.com.

Zierkiewicz Wiktor, Komorowski Ludwik and Michalska Danuta, Cerny Jiri and Hobza J. The Amino Group in Adenine: MP2 and CCSD(T) Complete Basis Set Limit Calculations of the Planarization

Barrier and DFT/B3LYP Study of the Anharmonic Frequencies of Adenine // Phys. Chem. - 2008. - Vol. 112, №51. - P. 16734-16740.

Keresztury Gábor. The role of vibrational transition moment directions in IR spectroscopic structural research // Magyar Kémiai Folyóirat – Összefoglaló közlemenyek. - 2006. - P. 129-136

Clowney L., Jain S.C., Srinivasan A.R., Westbrook J., Olson W. K., Berman H.M.. Geometric Parameters in Nucleic Acids: Nitrogenous Bases // J. Am. Chem. Soc. - 1996. – Vol. 118. - Р. 509–518.

Preuss M. Schmidt G. Seino K. et al. Ground- and excited-state properties of DNA base molecules from plane-wave calculations using ultrasoft psuedopotentials // J. Comput. Chem. – 2004. - Vol. 25. - P. 112.

Nucleic acid database. http://ndbserver.rutgers.edu.

Lehninger A.L. Biochemistry. Worth Publishers, Inc., New York, 1975.

Pauling L. The Nature of the Chemical Bond. Cornell Univ. Press, Ithaca, New York, 1960;

http://wps.prenhall.com/wps/ media/objects/3311/3390919/blb0702.html

Raji Heyrovska Structures of the Molecular Components in DNA and RNA with Bond Lengths Interpreted as Sums of Atomic Covalent Radii // The Open Structural Biology Journal. – 2008. - Vol. 2. - P. 1-7.

PluЁtzer Chr. and Kleinermanns K. Tautomers and electronic states of jet-cooled adenine investigated by double resonance spectroscopy // The Owner Societies. - 2002. - Vol. 4. - P. 4877–4882.

Chemisch - Geowissenschaftlichen facultet Friedrich-Schiller-Universität Jena, Characterization of bacteria, antibiotics of the fluoroquinolone type and their biological targets DNA and gyrase utilizing the unique potential of vibrational spectroscopy, diss. dr. rer. nat., 2012.


Посилання

  • Поки немає зовнішніх посилань.


Creative Commons License
Ця робота ліцензована Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

ISSN: 2415-8038 (Print).